A região Metropolitana do vale do Rio Cuiabá surgiu da extinção da aglomeração urbana de Cuiabá e Várzea Grande que havia sido instituída pela lei complementar nº 83/2001[7] e que foi extinta pela lei complementar nº 359/2009, que criou a região metropolitana.
Em 2009, a Região Metropolitana do Vale do Rio Cuiabá (RMVRC) foi estabelecida por meio da lei complementar nº 359/2009[8], com data de 27 de maio de 2009. Inicialmente, a RMVRC englobava os municípios de Cuiabá, Várzea Grande, Nossa Senhora do Livramento e Santo Antônio de Leverger. Além desses núcleos urbanos, a região metropolitana também abarcava municípios vizinhos, formando o entorno metropolitano, composto por Barão de Melgaço, Jangada, Nobres, Nova Brasilândia, Planalto da Serra, Poconé e Rosário Oeste.
No ano de 2016, uma alteração na composição da RMVRC foi efetuada por meio da lei complementar nº 577/2016[9], datada de 19 de maio de 2016, que adicionou os municípios de Acorizal e Chapada dos Guimarães à região metropolitana.
Em 2013, foi criada a Agência de Desenvolvimento Metropolitano do Vale do Rio Cuiabá (AGEM/VRC) mediante a promulgação da lei complementar nº 499/2013[10], em 22 de julho de 2013. A principal missão desta agência era organizar, planejar e executar funções públicas de interesse comum entre os municípios que compõem a RMVRC.
Posteriormente, a Secretaria Adjunta de Gestão e Planejamento Metropolitano (SAGPM) foi estabelecida após a dissolução da AGEM/VRC, de acordo com a lei complementar nº 612/2019[11], de 28 de janeiro de 2019. A SAGPM passou por diferentes vínculos ao longo de 2019, inicialmente subordinada à MT Participações e Projetos S/A – MT Par, depois à Secretaria de Estado de Planejamento e Gestão – SEPLAG, e finalmente, por meio do decreto nº 201/2019[12], de 16 de agosto de 2019, foi incorporada à estrutura da Secretaria de Estado de Infraestrutura e Logística – SINFRA, conforme ratificado pela Lei Complementar n° 633, de 14 de outubro de 2019.
Com a reorganização das responsabilidades da extinta AGEM, agora a SAGPM-SINFRA, foi também reativado o Conselho Metropolitano, como resultado do processo n° 015/2015/AGEM/VRC[13], para ajustar a governança da RMVRC.